Pagal Genetiškai modifikuotų organizmų įstatymą GMO valstybinis valdymas grindžiamas šiais principais:
atitinkamas rizikos valdymo priemones, skirtas pavojui iki rizikos aplinkai vertinimo ir rizikos valdymo plėtros sumažinti, kai priimant sprendimą dėl genetiškai modifikuoto organizmo apgalvoto išleidimo į aplinką, įskaitant tiekimą rinkai, esant moksliniam neapibrėžtumui dėl genetiškai modifikuoto organizmo ar jo kaip produkto saugos sunku prognozuoti galimą neigiamą poveikį žmonių sveikatai ir aplinkai.
institucijos turi skatinti visuomenės švietimą ir informavimą, išklausyti, konsultuotis ir įvertinti visuomenės nuomonę kiekvienu atveju prieš priimant sprendimą dėl veiklos, susijusios su ribotu naudojimu ar apgalvotu išleidimu į aplinką, įskaitant tiekimą rinkai.
išankstinį rizikos aplinkai vertinimą kiekvienu atveju genetiškai modifikuotą organizmą ribotai naudojant, apgalvotai išleidžiant į aplinką ar tiekiant rinkai jį kaip produktą ar esantį kituose produktuose. Draudžiama genetiškai modifikuotą organizmą apgalvotai išleisti į aplinką ar jį kaip produktą tiekti rinkai, kai genetinės modifikacijos procese naudojami atsparumo antibiotikams žymimieji genai, lemiantys atsparumą antibiotikams, vartojamiems žmonių ar gyvūnų gydymui, jeigu vertinant riziką aplinkai nustatytas galimas genetiškai modifikuoto organizmo neigiamas poveikis žmonių sveikatai ir aplinkai.
vadovaujantis subsidiarumo principu, galimybė riboti ar drausti genetiškai modifikuotą organizmą, teikiamą kaip sėklos ar kita augalų dauginamoji medžiaga, auginti Lietuvos Respublikos teritorijoje, nedarant poveikio genetiškai modifikuotiems organizmams, kurie įteisinti tiekti rinkai kaip atskiri produktai ar esantys kituose produktuose, laisvai apyvartai ir prieš įteisinimą nustatytam rizikos aplinkai vertinimui ir neatsižvelgiant į priemones, skirtas išvengti neįteisinto genetiškai modifikuoto organizmo išleidimo į aplinką.
genetiškai modifikuotas organizmas, skirtas naudoti aplinkoje, apgalvotai išleidžiamas į aplinką ir jo ribojimas mažinamas nuosekliai, etapais didinant išleidimo mastą, ir tik tada, kai, įvertinus ankstesnį išleidimo poveikį žmonių sveikatai ir aplinkai, nustatoma, kad galima daryti kitą žingsnį.
genetiškai modifikuotas organizmas leidžiamas apgalvotam išleidimui į aplinką ar tiekimui rinkai tik tuo atveju, jeigu fiziniai ir juridiniai asmenys, teikiantys pranešimą vykdyti veiklą, pateikia genetiškai modifikuoto organizmo nustatymo ir aptikimo metodų aprašymą.